已知最大的哈拉帕遗址拉基加里在2019年产出了该文明的第一个古基因组，来自受检61具骨骼中唯一保存下DNA的一具

2019年9月5日，《细胞》（Cell）杂志发表了一个来自印度河流域文明的古基因组，取自埋在哈里亚纳邦拉基加里（Rakhigarhi）墓地的一名女性。研究团队共检测了61具骨骼，只有她的骨骼保存了足够的真实DNA可供分析。她是两类人的混合：一类与古代伊朗人相关，占最大份额；另一类是南亚狩猎采集者。她身上检测不到草原牧民的祖源，草原牧民是欧亚草原上的游牧人群，其后裔较晚才抵达南亚。

野外发掘和取样由印度的机构完成。据论文方法部分，瓦桑特·申德（Vasant Shinde）领导的浦那德干学院（Deccan College）团队发掘了这些骨骼，尼拉杰·拉伊（Niraj Rai）领导的勒克瑙比尔巴尔·萨赫尼古科学研究所的古DNA小组负责取样，大卫·赖克（David Reich）在哈佛医学院的实验室分析数据。海得拉巴CSIR细胞与分子生物学中心的库马拉萨米·塔加拉詹（Kumarasamy Thangaraj）是28位作者之一。

七座土丘之城，距德里150公里

拉基加里距德里约150公里，2018年的发掘论文称其所在之处是一块农田。《细胞》论文称它是该文明已知最大的遗址，面积550公顷，文化部在2026年6月22日的新闻稿中给出了同样的数字。据2018年的论文，1至6号土丘是城区，7号土丘是墓地。哈里亚纳邦在更大版图中的位置，可参阅我们的该邦概况。

印度考古调查局（ASI）在1997至2000年的三年间在此发掘，发现了一条道路、一套排水系统和一处大型雨水蓄积设施，2018年的论文如此报告。申德的德干学院团队随后在2013至2016年间发掘墓地。此前墓地里只发掘过11座墓葬，德干学院团队记录了53座。

《细胞》论文称，居住区9至23米深处的七个木炭样本，给出的点年代在公元前2800至2300年之间，大多落在该文明的成熟期之内。文化部称，发掘显示这里从早期哈拉帕时期到成熟哈拉帕时期有连续的居住。这里的排水沟和街道布局，与我们那篇讲印度河诸城如何治水的文章中的相呼应。

六十一个样本，一个基因组

古DNA在高温中保存得不好。当时是哈佛医学院博士后研究员、论文的共同第一作者的纳拉辛汉（Vagheesh Narasimhan）对Live Science说，该地区炎热潮湿的气候会使它迅速降解。共同作者尼克·帕特森（Nick Patterson）对Scroll说：“形容印度，有两个词我不会用，就是凉爽和干燥。”Live Science把这一结果报道为该文明的个体第一次产出任何DNA信息，Nature India则称之为拉基加里一名女性的第一个基因组序列。

墓地位于古城以西约1公里处。团队用61个样本制作了251个DNA文库，其中108个来自同一具骨骼，编号为I6113。哈佛医学院的报道称，这花了100多次测序尝试。较长的DNA片段显示出现代污染的迹象，所以团队只保留带有古DNA典型化学损伤的片段。这样，她的基因组里留下31,760个位点可供分析。

骨骼为女性，Y染色体与X染色体序列的比例证实了这一点。她的线粒体DNA只经母亲遗传，属于单倍群U2b2，论文称该单倍群在约400名古代中亚人的数据中不存在，如今几乎只见于南亚。

放射性碳测年失败了。骨头里的胶原蛋白太少，对她的骨骼做的五次尝试都得出了无法使用的碳氮比。作者根据背景为墓葬断代：拉基加里只有哈拉帕时期的居住遗存，墓地遵循哈拉帕的丧葬习俗，与她一同入葬的陶器属于成熟期的风格。

基因组显示了什么

论文把她的祖源建模为伊朗相关成分加南亚狩猎采集者成分，后者以安达曼人作为已取样的最近替代。在模型的一个版本中，伊朗相关的份额是73%，上下浮动6个百分点；在另一个版本中是63%，上下浮动6个百分点。“伊朗相关”是对一个遗传谱系的称呼，并没有多少地理含义。赖克对Nature India说：“我们说‘伊朗相关’，是因为我们不知道他们住在哪里。”他还说，团队的数据表明她的祖先在该文明开始之前已在南亚生活了许多千年。

她的基因特征与埋在土库曼斯坦戈努尔（Gonur）和伊朗东部沙赫里索赫塔（Shahr-i-Sokhta）的11个人相符，这两个城镇都与哈拉帕人有往来。作者给出三条理由，认为这些基因是从南亚向外传播的。这两处遗址的44名高质量个体中，只有11人带有这一特征。沙赫里索赫塔三名与俾路支有物质联系的个体全都带有它。而且他们身上的狩猎采集者成分在沙赫里索赫塔的其他样本中不存在，却与南亚人身上的祖源相符。论文支持这样的推测：这11人是来自哈拉帕世界的移民，并把这12人的群体重新命名为IVC Cline（印度河流域文明梯度），即该文明各个体之间祖源的一种渐变。

这12人身上很少或没有草原牧民的祖源，作者说，这表明在该文明时期，它在南亚西北部并不像今天这样普遍。他们把草原祖源进入南亚的时间定在约公元前2000至1500年。他们还说，拉基加里这名女性的特征如今在南亚人或伊朗人中已不再找得到，而基因流在她所处的时代之后从西北和东南两个方向到达这一地区。

关于农业，论文发现，这些人身上的伊朗相关谱系，分化得早于阿尔伯兹山脉贝尔特洞（Belt Cave）的一名狩猎采集者（约公元前10000年）和扎格罗斯山脉甘吉达雷（Ganj Dareh）的牧羊人（约公元前8000年）。它发现与安纳托利亚农民相关的祖源可以忽略不计，因此作者得出结论：新月沃地的最早农民并没有把农业带到南亚。纳拉辛汉对Live Science说，这一谱系“分化的时间，早于世界上几乎任何地方出现农业之前”。

赖克补充了一句提醒。他对Nature India说，这些发现“并不能证明南亚独立发明了农业”。国家生物医学基因组研究所的帕尔塔·普拉蒂姆·马宗达（Partha Pratim Majumder）在同一篇报道中补充说，花粉化石表明印度的植物曾被多次驯化。

《科学》（Science）上的配套论文以纳拉辛汉为第一作者，数据集中有523名古代人，报告说现代南亚人的主要祖源，是与伊朗和东南亚早期狩猎采集者相关的人群之间的一种渐变。其摘要称，该文明衰落之后，其人群与东南部的其他人混合，形成了南亚两大祖先人群之一，其直系后裔生活在印度南部。他们还与草原牧民的后裔混合，形成了另一个。

一名女性不能说明什么

论文自己限定了结论的范围。其结尾部分说，“单个样本”，甚至这12个样本的梯度，“不能完整刻画一个国际化的古代文明”，并呼吁从该文明分布范围内更多的人身上获取DNA。

威斯康星大学麦迪逊分校的乔纳森·马克·凯诺耶（Jonathan Mark Kenoyer）没有参与这项研究，他对Live Science提出了相关的看法。他说，墓地里的葬者不能代表印度河诸城的古代人口，而且土葬不如火葬常见。纳拉辛汉在同一篇报道中把印度河诸城比作现代的东京或纽约，来自世界各地的人聚集在那里。

论文还补充说，南亚农业的起源地，用作者的话说是“一个尚未取样的地点”。

雅利安之争，各有其名

分歧在论文发表后的几天里就出现了。据Scroll报道，申德在2019年9月6日发出的新闻稿说，这些数据“彻底否定了雅利安迁徙/入侵理论”，并证明“哈拉帕人就是吠陀人”。据ThePrint报道，他在德里的新闻发布会上说，过去归功于外来者的发展，其实是本土人民的成果。

拉伊的措辞要窄一些。ThePrint引述他的话说，团队没有找到足够的证据，把中亚人的迁移称为入侵，迁移和流动的区别很重要。Scroll报道说，他不同意哈拉帕人就是吠陀人的说法。

纳拉辛汉对Scroll说，这一命题“做出了我不太放心的跳跃”。帕特森对Scroll说，他不同意印度河人说印欧语的说法。《细胞》论文自己的讨论部分表明了立场。它把印欧语言在公元前2千纪上半叶从东欧经中亚传播，称为一条自然的路线，并说南亚的草原祖源与青铜时代东欧的相符。它还说，其发现不支持这些语言随农业跨过伊朗高原传播，即所谓的安纳托利亚假说。

《Swarajya》的阿拉温丹·尼拉坎丹（Aravindan Neelakandan）写道，这项研究揭示了本土的哈拉帕祖源，并引述遗传学家吉扬内什瓦尔·乔贝（Gyaneshwer Chaubey）的话，称它表明印度的农业不是随伊朗人的输入而来。Swarajya还补充说，乔贝对从遗传学得出语言方面的结论持谨慎态度。论文的数据要点很清楚：拉基加里这名女性没有草原祖源，论文把这种祖源的到来定在她所处的时代之后。数据对语言和吠陀文献说明了什么，正是上述学者们争论的内容。

多拉维拉和洛塔尔处在什么位置

《细胞》论文称哈拉帕世界是国际化的，多个文化群体在大型中心里共同生活。它点出的有哈拉帕、摩亨焦达罗、拉基加里、库奇的多拉维拉和加内里瓦拉。它来自这个世界内部的唯一基因组出自拉基加里，所以论文没有报告多拉维拉或洛塔尔的数据。

我们关于多拉维拉的文章讲了它的水库和那块无人能读的十个符号的告示牌。关于洛塔尔的文章讲了学者们用来论证贸易的封泥和珠子作坊。《细胞》论文给这幅图景添上了人：伊朗和土库曼斯坦的11个个体，作者把他们解读为来自该文明的移民。

现在在加尔各答的骨骼

文化部称，ASI位于大诺伊达的第二发掘处在2025至2026年度在拉基加里工作，在7号土丘发现了八座墓葬。三具完整的骨骼和其他墓葬的碎片，已根据两个机构之间的谅解备忘录，移交给印度人类学调查局在加尔各答的实验室。其余材料预计在2026年6月22日发布新闻稿后的几天内送到。

人类学调查局称，这项工作将与比尔巴尔·萨赫尼研究所、伦敦大学学院和贝拿勒斯印度教大学的一个团队合作，在古DNA方面开展，并将包括同位素研究和对骨骼的检查。塔加拉詹说，对这些遗骸的古DNA研究，可以显示人类基因组自约公元前3000年以来如何演化、适应并经历自然选择，乔贝称这次合作是重大的一步。现代基因组是另一个项目，见我们讲GenomeIndia的文章。截至2026年10月15日，我们没有找到任何第二批拉基加里墓葬已发表的基因组，新闻稿也没有给出结果的日期。